La saga continue...
The Dark Side se place intelligement avant le premier épisode et suis les aventures d'un maître jedi et son apprentit en guerre contre la toute première armée de Sith de l'univers.
Dark Revan n'est plus. Dans la galaxie, la paix réprend peu à peu. Mais alors que l'espoir revient dans le coeur des gens, un groupe de Sith lance une attaque surprise. Les Jedi repartent alors au combat et une question se pose : Qui est le chef de ce nouveau groupe. Ils apprennent alors que le groupe de Sith est dirigé par l'apprentit de Dark Revan : Dark Malak.
Le maître Jedi Sanarby part alors en guerre suivi de son apprenti Naver. Mais alors que la victoire est déclarée, Dark Malak prend la fuite et va se crasher sur la planète Thor, une planète boisée aux étrange habitants. Sanarby décide de le suivre.
Ils y font la connaissance de Bastila et de son frère, une race menacée par les Siths et dont ils font figure de derniers survivants.
Ils doivent donc à eux 4, faire face au mal. Mais quel est le groupe le plus dangereux pour l'humanité ? Les Siths déchus et rongés par mal ou Naver, un apprenti Jedi au passé mystérieux ?
Le côté obscur l'emporte sur la voix de la lumière ? Et vous de Quel côté serez-vous ?